원불교에서는 교정원 조직법(원기44년 제정, 교구제1호)에 의해 교서의 편찬과 출판은 교화부 업무에 속해 있었으나, 교서결집의 중요성 때문에 정화사라는 특설기관을 설립하여 교서편찬과 발행업무를 위임했다. 초기교전의 경우 발행기관이 정화사였으므로, 이는 국가의 출판법과 맞지 않는 결과가 되어 1969년(원기54) 7월 1일 교무부와 원광사가 전북 공보실에 ‘원불교출판사’ 등록을 함으로써 정식으로 출판사를 설립 공고하게 되었다.
당시 교정원장이던 박장식이 발행인, 교화부장 김근수가 편집인으로 등록되었다. 그리고 원불교출판사의 업무는 원광사에 위임했다. 이때부터 교서출판에는 정화사ㆍ교화부ㆍ원광사의 세 기관이 관여하게 되었다. 1979년(원기64) 원불교 중앙총부 앞에 문화회관을 설립되고, 원광사ㆍ원불교신보사ㆍ문화부ㆍ원불교출판사 등의 문화기관이 입주하여 문화교화 시대를 열어 가게 된다. 1982년(원기67)에는 교단문화창달에 기여할 목적으로 원불교중앙문화원이 설립되어 교단의 문화기관인 원광사ㆍ원불교신보사ㆍ원불교출판사 등의 운영을 관할하게 된다.
1986년(원기71) 4월 8일 원불교출판사는 원광사에서 별립, 독자적으로 운영하게 된다. 이공전 중앙문화원장을 비롯해 원광사와 원불교출판사 실무진 12명이 참석한 가운데 인계인수를 했으며, 원불교출판사가 그동안 원광사에서 관리 운영해왔던 출판업무 일체를 인수하는 것은 단순한 인수가 아니라 정식으로 자립체제를 갖추고 새롭게 출범하는 기관이 되었다. 사장에 이공전, 주간 김학인, 총무 박인해가 임직원으로 새로 부임했다.
1996년(원기81) 원불교출판사는 도서출판 동남풍ㆍ원광기획과 함께 서울 종로구 낙원동 종로교당 1층에 문을 열고 출판기획 및 편집디자인ㆍ인쇄제작의 업무를 시작했다. 출판된 책의 80%가 서울에서 소비되는 현실을 감안한 원불교 출판문화의 서울진출이었으며, 원불교출판사는 원불교 교리해석을 세상에 널리 펴내는데 주안점을 두면서, 각종 종교 부문의 책을 개발하여 출판하기 시작했다. 2004년(원기89)에는 온라인 원불교서점 ‘원북’을 개통하여 온라인 쇼핑을 통해 원불교 관련 도서를 손쉽게 구입할 수 있는 길을 열었다.
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